生物資料庫理論與實作
Biological Databases: Theories and Practice
學期
106-1
學分
3
學分
當期課號
5747
永久課號
IBT5507
開課單位
生物科技學系
授課教師
羅惟正
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週三 |
|---|---|
9 17:30–18:20 | 生物資料庫理論與實作 BA301 3 節連堂 |
A 18:30–19:20 | |
B 19:30–20:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
主要內容:(1) 介紹生物資料庫之理論及軟硬體架構。(2) 剖析幾個重要的生物資料庫且帶領操作。(3) 培訓資料庫建置能力。(4) 實作生物資料庫。 本課程極強調實作。除訓練學生熟習資料庫運作原理以及各類軟硬體操作外,更試圖強化其實作能力,使其得以活用所學、開發更有助生物科技進展之資料庫。
先修科目
先修科目 — 生物資訊程式設計 先備能力 — 適合已有中上程式設計能力者修習
教學方式
105學年度起課程相較以往有較大變革。往年課程較重視理論傳授,新版課程則更重視實作。 強烈建議修課同學預先具備PHP中上程度程式設計能力。 生物資料庫建置的困難點不只在理論的理解與程式設計,也在人的智力與時間投入,以及協同合作的能力。本課程將以 3D domain swapping 為例,帶領學生們分工合作組建一大型生物資料庫。
評分方式
期中上機考與口頭報告共 50% 期末專題展示 25% 作業與平時表現 (出席、參與討論、課堂表現等) 25%
課程大綱
- 簡介
- 進階理論
- 學習評量
- 資料庫實例剖析
- 資料庫建置能力
- 資料庫實作
- 作業
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | 課程概論 & 資料庫理論 |
| 第 2 週 | 資料庫軟硬體 & Virtual Machines |
| 第 3 週 | 大資料時代之應變 & 分散運算與生物資料庫 & NCBI 資料庫系統 |
| 第 4 週 | (中秋連假) |
| 第 5 週 | Protein Databases, PDB - Protein Data Bank, SCOP - Structural Classification of Proteins |
| 第 6 週 | Genome Databases |
| 第 7 週 | mircoRNA Databases |
| 第 8 週 | Clinical, Drug and Other (KEGG etc) Biological Databases |
| 第 9 週 | 期中考:上機 |
| 第 10 週 | 期中口頭報告:期末專題設定與分組 |
| 第 11 週 | PHP 進階程式設計 |
| 第 12 週 | PHP 網頁程式設計 |
| 第 13 週 | (全校運動會。全校白天停課) |
| 第 14 週 | PHP 資料庫程式設計 |
| 第 15 週 | Workshop (實作 I): 3D Domain Swapping Database |
| 第 16 週 | Workshop (實作 II): 3D Domain Swapping Database |
| 第 17 週 | Workshop (實作 III): 3D Domain Swapping Database |
| 第 18 週 | 期末口頭報告:期末專題成果 |
教科書
隨堂講義與 papers
Office Hours
- 地點
- 生科實驗二館201室
- 時間
- 週二 09:00AM-11:30AM (請先預約)
- 聯絡方式
- 校內分機 56922