整合性基因體資料庫之應用程式設計: Ensembl programming
Application programming of integrated genome database and browser: Ensembl programming
學期
106-1
學分
2
學分
當期課號
B333
永久課號
B0260
開課單位
生物醫學資訊研究所
授課教師
黃彥華
校區
陽明
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週五 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 整合性基因體資料庫之應用程式設計: Ensembl programming YR103 2 節連堂 |
6 14:20–15:10 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Genome science and Perl programming |
| 第 2 週 | Revisit of GenBank data parsing |
| 第 3 週 | Reference |
| 第 4 週 | Module (1) |
| 第 5 週 | Module (2) |
| 第 6 週 | Module (3) |
| 第 7 週 | Module (4) |
| 第 8 週 | BioPerl and Ensembl Perl API |
| 第 9 週 | Mid-term exam. |
| 第 10 週 | BioPerl SeqIO |
| 第 11 週 | BioPerl Sequence Object (1) |
| 第 12 週 | BioPerl Sequence Object (2) |
| 第 13 週 | BioPerl SearchIO (1) |
| 第 14 週 | BioPerl SearchIO (2) |
| 第 15 週 | Ensembl core APIEnsembl core API (1) |
| 第 16 週 | Ensembl variation API |
| 第 17 週 | Ensembl regulation API |
| 第 18 週 | Final exam. |