計算生物實驗
Computational Biology Lab.
| 節 | 週三 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 計算生物實驗 BA301 3 節連堂 |
6 14:20–15:10 | |
7 15:30–16:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
藉由Linux系統的介紹與訓練,熟悉Unix管理實務與開源軟體(open source)的使用,及其在生物資訊學與生物醫工上的科學應用。
【計算生物概論 】或 【計算機概論】
<a href="http://wild.life.nctu.edu.tw/class/10621542"> http://wild.life.nctu.edu.tw/class/10621542</a> 課堂上會公佈網站密碼
【作業】每個單元結束繳交程式及結果或報告。 【期末presentation】可參考歷年presentation<a href="http://wild.life.nctu.edu.tw/class/compbio2">連結 </a>:http://wild.life.nctu.edu.tw/class/compbio2 ;但主題不可以跟前人或本屆其他學生重覆。 <font color="red">作業: 70% ; 期末presentation: 30%</font>
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | 課程簡介,軟體應用準備 Course overview, instruments preparation and cleanup |
| 第 2 週 | 國定假日 |
| 第 3 週 | 計算環境的建立 Account management, compilation, and packaging |
| 第 4 週 | 系統基礎操作及語法 Basic Unix commands and <i>vi</i> editor |
| 第 5 週 | 正規表示法 Regular expressions: RE, PCRE and ERE |
| 第 6 週 | 數據資料串流編輯 Stream editor and awk for data processing |
| 第 7 週 | 國定假日 |
| 第 8 週 | 命令列模式組合 Unix shell: command line interface (CLI) and <i>bash</i> |
| 第 9 週 | 檔案結構與殼層腳本製作 PDB file processing with shell scripts |
| 第 10 週 | 生物分子結構與圖像 X-windows and graphical interfaces to biochemical systems 反應動力學數據解析 Chemical kinetics analysis with GNUplot |
| 第 11 週 | Retrieve sequences from database |
| 第 12 週 | Sequence alignment -- dot matrix |
| 第 13 週 | Sequence alignment -- dynamic programming |
| 第 14 週 | Calculate pairwise distances |
| 第 15 週 | Construct a phylogenetic tree |
| 第 16 週 | Construct a phylogenetic tree |
| 第 17 週 | Calculate codon usage bias |
| 第 18 週 | Calculate codon usage bias |
1. Beginning Ubuntu Linux 3rd Edition, 2008, ISBN 978-1-4302-0649-1, <b>ebook</b>: http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4302-0649-1 2. Learning the bash Shell, 3rd Edition, ISBN 978-0-596-00965-6, <b>ebook</b>: 978-0-596-15896-5. 3. sed & awk, 2nd Edition, ISBN:978-1-56592-225-9, <b>ebook</b>: 978-1-4493-8700-6. 4. gnuplot Cookbook, <b>ebook</b> ISBN:978-1-84951-725-6.
- 地點
- 尤禎祥:生科實驗二館R102 、林勇欣:生科實驗二館R103
- 時間
- 2EFG (尤禎祥) 、5EFG (林勇欣)
- 聯絡方式
- 尤禎祥:分機:56962;http://wild.life.nctu.edu.tw/~jsyu 林勇欣:分機:56960;http://life.nctu.edu.tw/~yslin/lectures.php