計算生物實驗

Computational Biology Lab.

學期

107-2

學分

1 學分

當期課號

1548

永久課號

DBT2111

開課單位

生物科技學系

授課教師

尤禎祥、林勇欣

類別

選修

上課時間表

節	週三
5 13:20–14:10	計算生物實驗 BA301 3 節連堂
6 14:20–15:10
7 15:30–16:20

* 根據陽明交大上課時間表所列

概述

藉由Linux系統的介紹與訓練,熟悉Unix管理實務與開源軟體(open source)的使用,及其在生物資訊學與生物醫工上的科學應用。

先修科目

【計算生物概論】或【計算機概論】

教學方式

http://wild.life.nctu.edu.tw/class/10721548 課堂上會公佈網站密碼

評分方式

【作業】每個單元結束繳交程式及結果或報告。【期末presentation】可參考歷年presentation<a href="http://wild.life.nctu.edu.tw/class/compbio2">連結 </a>:http://wild.life.nctu.edu.tw/class/compbio2 ;但主題不可以跟前人或本屆其他學生重覆。 作業: 70% ; 期末presentation: 30%

週次計畫

週次	主題
第 1 週	課程簡介,軟體應用準備 Course overview, instruments preparation and cleanup
第 2 週
第 3 週	計算環境的建立 Account management, compilation, and packaging
第 4 週	系統基礎操作及語法 Basic Unix commands and <i>vi</i> editor
第 5 週	正規表示法 Regular expressions: RE, PCRE and ERE
第 6 週	數據資料串流編輯 Stream editor and awk for data processing
第 7 週
第 8 週	命令列模式組合 Unix shell: command line interface (CLI) and <i>bash</i>
第 9 週	檔案結構與殼層腳本製作 PDB file processing with shell scripts
第 10 週	生物分子結構與圖像 X-windows and graphical interfaces to biochemical systems 反應動力學數據解析 Chemical kinetics analysis with GNUplot
第 11 週	Retrieve sequences from database
第 12 週	Sequence alignment -- dot matrix
第 13 週	Sequence alignment -- dynamic programming
第 14 週	Calculate pairwise distances
第 15 週	Construct a phylogenetic tree
第 16 週	Construct a phylogenetic tree
第 17 週	Calculate codon usage bias
第 18 週	Calculate codon usage bias

教科書

1. Beginning Ubuntu Linux 3rd Edition, 2008, ISBN 978-1-4302-0649-1, ebook: http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4302-0649-1 2. Learning the bash Shell, 3rd Edition, ISBN 978-0-596-00965-6, ebook: 978-0-596-15896-5. 3. sed & awk, 2nd Edition, ISBN:978-1-56592-225-9, ebook: 978-1-4493-8700-6. 4. gnuplot Cookbook, ebook ISBN:978-1-84951-725-6.

Office Hours

地點: 尤禎祥:生科實驗二館R102 、林勇欣:生科實驗二館R103
時間: 2EFG (尤禎祥) 、5EFG (林勇欣)
聯絡方式: 尤禎祥:分機:56962;http://wild.life.nctu.edu.tw/~jsyu 林勇欣:分機:56960;http://life.nctu.edu.tw/~yslin/lectures.php