生物資訊程式設計
Computer Programming for Applied Bioinfomatics Studies
學期
108-1
學分
3
學分
當期課號
5715
永久課號
IBI5148
開課單位
生物資訊及系統生物研究所
授課教師
羅惟正
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週三 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 生物資訊程式設計 CSPC4 3 節連堂 |
6 14:20–15:10 | |
7 15:30–16:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
請注意: 本課程已於107學年起改在光復校區上課 (課務系統若未更新,請依學期初公告為準)。 本課程乃針對無資訊背景或無程式設計經驗之研究生所設計,基本目標為使其從零到一建立程式寫作、資料庫建置與網站開發能力。教學過程中所使用的範例及作業多屬生物學主題。此外,本課程亦期望: 1. 訓練學生使用linux系統,使其得以自在運用專業的文字模式生物資訊軟體,並能自行設計程式整合不同軟體之運算結果。 2. 使學生認識生物資訊研究法之性質、了解生物資訊與wet-lab研究可以如何相互輔助整合。
先修科目
無特殊先修或先備能力要求。 本課程主要設計給無資訊背景或無程式設計經驗之研究生。已有基本程式設計能力之學生,建議改修其他進階程式設計課程。
教學方式
課程講授與上機實作並重。投影片皆為老師自製教材,上列教科書為學習聖典,亦強烈推薦。書局、二手書店、圖書館皆可找到。
評分方式
幾乎每堂課都有隨堂作業或課後作業,作業老師會節選講解。期初有口試與一份書面報告,期中兩次上機考,期末一份專題作業。 1. 期初口試 15% 2. 期初書面報告 15% 3. 第一次上機考 15% 4. 第二次上機考 15% 5. 期末專題 15% 6. 作業與小考 15% 7. 學期綜合表現 10%
課程大綱
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | About this Course 1. 課堂規範 2. 學期評分規劃 3. 生物資訊與程式設計經驗分享 |
| 第 2 週 | PHP Introduction and Environment 1. Linux 操作 2. 程式設計平臺建置 3. 程式設計學習經驗分享 |
| 第 3 週 | Printing and Manipulating Text 1. 變數 2. 字串處理 |
| 第 4 週 | Reading and Writing Files 1. 讀寫檔案 2. 進階檔案處理 |
| 第 5 週 | (國慶日) |
| 第 6 週 | Array and Loops 1. 陣列變數 2. 迴圈 3. 多維陣列 4. 進階迴圈設計 |
| 第 7 週 | Mid-term Exam I 上機考 (一) |
| 第 8 週 | Writing User-defined Functions 1. 自訂函式 |
| 第 9 週 | Conditional Tests 1. 邏輯運算 2. 流程控制 |
| 第 10 週 | Dictionaries-like Programming Skills 1. 字典法與其生物學應用 2. 大學部學生座談會-校長有約 (15:30 ~ 17:20 大學部停課) |
| 第 11 週 | Files, Programs and User Input 1. 進階磁碟操作 2. 檔案包引與自製函式庫 3. 接受程式使用者輸入資料 |
| 第 12 週 | Mid-term Exam II 上機考 (二) |
| 第 13 週 | 全校運動會(全校停課) |
| 第 14 週 | Applied PHP Programming 1. 文字解析程式 (Parser) |
| 第 15 週 | Applied PHP Programming 1. 資料庫處理 |
| 第 16 週 | Applied PHP Programming 1. 網頁程式設計 |
| 第 17 週 | (開國紀念日) Applied PHP Programming 1. 互動式網頁程式設計 |
| 第 18 週 | Final Evaluation 期末評量、補充 |
教科書
1. 隨堂講義 2. Professional PHP Programming (Jesus Castagnatto et al.) 3. 上列教科書之許鳴程譯本
Office Hours
- 地點
- 生科實驗二館201室
- 時間
- 週一、週五 09:00 AM – 16:00 PM
- 聯絡方式
- 分機:56922 WadeLo@nctu.edu.tw