生物資訊程式設計

Computer Programming for Applied Bioinfomatics Studies

學期

109-1

學分

3 學分

當期課號

5723

永久課號

IBI5148

開課單位

生物資訊及系統生物研究所

授課教師

羅惟正

類別

選修

上課時間表

節	週三
5 13:20–14:10	生物資訊程式設計 CSPC4 3 節連堂
6 14:20–15:10
7 15:30–16:20

* 根據陽明交大上課時間表所列

概述

重要通告:第一週授課在博愛校區賢齊館。老師已寄信通知各位首週要點,請務必閱讀,未能符合規定者,將失去修課資格。請注意: 本課程已於107學年起改在光復校區上課 (課務系統若未更新,請依學期初公告為準)。本課程乃針對無資訊背景或無程式設計經驗之研究生所設計,基本目標為使其從零到一建立程式寫作、資料庫建置與網站開發能力。教學過程中所使用的範例及作業多屬生物學主題。此外,本課程亦期望: 1. 訓練學生使用linux系統,使其得以自在運用專業的文字模式生物資訊軟體,並能自行設計程式整合不同軟體之運算結果。 2. 使學生認識生物資訊研究法之性質、了解生物資訊與wet-lab研究可以如何相互輔助整合。

先修科目

先修科目 (擋修):交大生科系「程式語言及演習」

教學方式

課程講授與上機實作並重。投影片皆為老師自製教材,上列教科書為學習聖典,亦強烈推薦。書局、二手書店、圖書館皆可找到。

評分方式

幾乎每堂課都有隨堂作業或課後作業,作業老師會節選講解。期初有口試與一份書面報告,期中兩次上機考,期末一份專題作業。 1. 期初口試 15% 2. 期初書面報告 15% 3. 第一次上機考 15% 4. 第二次上機考 15% 5. 期末專題 15% 6. 作業與小考 15% 7. 學期綜合表現 10%

課程大綱

週次計畫

週次	主題
第 1 週	About this Course 重要通告:第一週授課在博愛校區賢齊館。老師已寄信通知各位首週要點,請務必閱讀,未能符合規定者,將失去修課資格。 0. 期初口試 1. 課堂規範 2. 學期評分規劃 3. 生物資訊與程式設計經驗分享
第 2 週	PHP Introduction and Environment 1. Linux 操作 2. 程式設計平臺建置 3. 程式設計學習經驗分享
第 3 週	Printing and Manipulating Text 1. 變數 2. 字串處理
第 4 週	Reading and Writing Files 1. 讀寫檔案 2. 進階檔案處理
第 5 週	Array and Loops 1. 陣列變數 2. 迴圈 3. 多維陣列 4. 進階迴圈設計
第 6 週	Mid-term Exam I 上機考 (一)
第 7 週	Writing User-defined Functions 1. 自訂函式
第 8 週	Conditional Tests 1. 邏輯運算 2. 流程控制
第 9 週	Dictionaries-like Programming Skills 1. 字典法與其生物學應用
第 10 週	Files, Programs and User Input 1. 進階磁碟操作 2. 檔案包引與自製函式庫 3. 接受程式使用者輸入資料
第 11 週	Mid-term Exam II 上機考 (二)
第 12 週	全校運動會 (全校白天停課)
第 13 週	Applied PHP Programming 1. 文字解析程式 (Parser)
第 14 週	Applied PHP Programming 1. 大數據計算
第 15 週	Applied PHP Programming 1. 資料庫處理
第 16 週	Final Evaluation 期末評量、補充
第 17 週	Applied PHP Programming 1. 網頁程式設計
第 18 週	Applied PHP Programming 1. 互動式網頁程式設計

教科書

1. 隨堂講義 2. Professional PHP Programming (Jesus Castagnatto et al.) 3. 上列教科書之許鳴程譯本

Office Hours

地點: 賢齊館401室
時間: 週一、週五 09:00 AM – 16:00 PM
聯絡方式: 分機:56922 WadeLo@nctu.edu.tw