整合性基因體資料庫之應用程式設計
Integrated genome database programming
學期
109-1
學分
2
學分
當期課號
B423
永久課號
B1939
開課單位
生物醫學資訊研究所
授課教師
黃彥華
校區
陽明
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週五 |
|---|---|
3 10:10–11:00 | 整合性基因體資料庫之應用程式設計 YR102 2 節連堂 |
4 11:10–12:00 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction to Ensembl DB and browser families |
| 第 2 週 | Ensembl browser and Apache web server (1) – docker or VMRevisit of GenBank file format (1) |
| 第 3 週 | Holiday (中秋節調整放假) Ensembl browser and Apache web server (2) – docker or VMRevisit of GenBank file format (2) |
| 第 4 週 | Holiday (國慶日調整放假) Revisit of GenBank file format – file and devicesEnsembl virtual machine |
| 第 5 週 | Revisit of GenBank file format – effective parsing (1)國慶日連假 |
| 第 6 週 | Revisit of GenBank file format – effective parsing (2)MySQL and Ensembl Perl APIs |
| 第 7 週 | Numpy and Pandas (1)Ensembl RESTful APIs, R, and Python |
| 第 8 週 | Numpy and Pandas (2) – the iris data as an examplePyEnsembl (1) |
| 第 9 週 | Mid-term exam – docker or VM for a personal web sitePyEnsembl (2) |
| 第 10 週 | TCGA data analysis – SVR, L1, L2, and elasticnet regularizationFinal report and discussion |
| 第 11 週 | Promoter modeling – NMT and self-attention |
| 第 12 週 | Genome annotation DB and MySQL– docker or VM |
| 第 13 週 | ENCODE, Gencode, and gene finding (1) – Rationale |
| 第 14 週 | ENCODE, Gencode, and gene finding (2) – Ensembl API |
| 第 15 週 | Ensembl gene biotypes |
| 第 16 週 | Holiday (元旦) Final exam |
| 第 17 週 | Introduction of next-generation sequencing data analysis (1) |
| 第 18 週 | Introduction of next-generation sequencing data analysis (2) |