生物調控原理
Principles of Biological Regulation
| 節 | 週五 |
|---|---|
7 15:30–16:20 | 生物調控原理 YR103 2 節連堂 |
8 16:30–17:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
本課程會由方法學下手,說明如何解讀數據。再以生化與分子生物學中的反應路徑為例,說明生物調控的規則與原理。希望利用規則說明雜亂無章的現象,並進一步推薦解決問題的步驟。此外、也會簡介現代生物學中的生物資訊學、系統生物學、合成生物學方法,讓同學瞭解尋找這些規則的策略,與應用這些規則解讀反應機制的整套策略。
解讀實驗數據是許多同學覺得困難之處,例如觀察到協同作用(synergy)後,接下來究竟該怎麼做,才能瞭解產生協同作用的機制。本課程將由基本的化學開始,說明核酸與蛋白質,或蛋白質與蛋白質交互作用的原理,並瞭解合作現象(cooperativity)的性質。由這些分子間的作用可以理解反應的規律,例如利用正迴饋的機制,可以在短時間內放大訊號,產生快速的反應。以這些規則為基礎,可以再進一步探究哪些反應會連接在一起形成模組,例如怎樣的線路可以在兩個不同的狀態間切換。透過比較代謝路徑、訊息傳導路徑、轉錄調控等巨分子合成的路徑,可以找到許多調控的模組。知道的模組越多,就越能推測在現象背後的反應機制。例如瞬間的(transient)訊號如何啟動細胞分化?如何維持分化的不可逆性? 這些知識有助於我們猜測未知系統的機制,也有助於設計一個生物網路,達到特定的功能。
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction |
| 第 2 週 | Behavior of an enzyme |
| 第 3 週 | Principles of molecular interactions (I) |
| 第 4 週 | Principles of molecular interactions (II) |
| 第 5 週 | Principles of signaling pathways |
| 第 6 週 | 兒童節與民族掃墓節(調整放假) |
| 第 7 週 | Principles of metabolic pathways |
| 第 8 週 | 期中考 |
| 第 9 週 | How to prepare the final report? |
| 第 10 週 | Principles of gene regulatory network |
| 第 11 週 | Stochastic vs deterministic processes in biology |
| 第 12 週 | 水上運動會(停課一天) |
| 第 13 週 | Disease: a failure of the regulatory circuit |
| 第 14 週 | Revising draft term paper |
| 第 15 週 | A new way to see biology |
| 第 16 週 | Final presentation |
| 第 17 週 | |
| 第 18 週 |
1.Campbell, A.M. and Heyer, L.J. (2007) Discovering genomics, proteomics, and bioinformatics. (2nd Ed.) Pearson Education, Inc. (QH447.C187 2007) 2.Hancock, J.T. (2005) Cell signalling (2nd Ed). Oxford University Press. (ISBN 0 19 926467 8; QH604.2 H234 2005) 3.Alon, U. (2007) An introduction to systems biology: design principles of biological circuits. Boca Raton, FL :Chapman & Hall/CRC,c2007. (ISBN 1584886420; QH324.2/.A46 2007) 4.其他相關文獻約10篇