整合性基因體資料庫之應用程式設計
Integrated genome database programming
學期
110-1
學分
2
學分
當期課號
B080
永久課號
B1939
開課單位
生物醫學資訊研究所
授課教師
黃彥華
校區
陽明
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週五 |
|---|---|
3 10:10–11:00 | 整合性基因體資料庫之應用程式設計 YR102 2 節連堂 |
4 11:10–12:00 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
1. 介紹 Ensembl 資料庫及瀏覽器架構 2. Ensembl APIs and web servers 3. Genome annotation 4. Ensembl virtual machine, docker 5. Machine learning and deep learning on big omics data analysis
教學方式
Ensembl 資料庫整合了人類及數種模式物種的基因體序列、變異、表現體、調控、乃至於跨物種基因體比較之豐富資料,近年來並整合了 dbSNP、ENCODE等國際合作計畫產生的資訊。本課程將介紹 Ensembl DB及browser的建構邏輯,介紹取得並整理大量基因體註解資料的理論及技術,以進行進一步的資料探勘工作。 其次,鑑於近年來 machine learning及 deep learning在癌症體學研究的應用,本課程介紹 Python 套件,如Numpy, Pandas, SciPy, Scikit-learn等,以及資料庫管理系統 MySQL,以逐步建立大數據處理分析的基礎,並且能夠建立自我學習的信心,使用已有的套件,來進行進階的大資料探勘。
評分方式
報告及課堂參與
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction to Ensembl DB and browser families |
| 第 2 週 | Ensembl browser and Apache web server (1) – docker or VMRevisit of GenBank file format (1) |
| 第 3 週 | Ensembl browser and Apache web server (2) – docker or VMRevisit of GenBank file format (2) |
| 第 4 週 | Revisit of GenBank file format – file and devicesEnsembl virtual machine |
| 第 5 週 | Revisit of GenBank file format – effective parsing (1)國慶日連假 |
| 第 6 週 | Revisit of GenBank file format – effective parsing (2)MySQL and Ensembl Perl APIs |
| 第 7 週 | Numpy and Pandas (1)Ensembl RESTful APIs, R, and Python |
| 第 8 週 | Numpy and Pandas (2) – the iris data as an examplePyEnsembl (1) |
| 第 9 週 | Mid-term exam – docker or VM for a personal web sitePyEnsembl (2) |
| 第 10 週 | TCGA data analysis – SVR, L1, L2, and elasticnet regularizationFinal report and discussion |
| 第 11 週 | Promoter modeling – NMT and self-attention |
| 第 12 週 | Genome annotation DB and MySQL– docker or VM |
| 第 13 週 | ENCODE, Gencode, and gene finding (1) – Rationale |
| 第 14 週 | ENCODE, Gencode, and gene finding (2) – Ensembl API |
| 第 15 週 | Ensembl gene biotypes |
| 第 16 週 | Final exam |
| 第 17 週 | Introduction of next-generation sequencing data analysis (1) |
| 第 18 週 | Introduction of next-generation sequencing data analysis (2) |
教科書
自編講義