轉譯醫學資訊
Informatics for translational medicine
| 節 | 週一 |
|---|---|
3 10:10–11:00 | 轉譯醫學資訊 YR101 2 節連堂 |
4 11:10–12:00 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
在人類基因體計畫在2003年完成後,並未對人類健康的改進產生立竿見影的效果.因此美國國家科學院的院長,在2004年提出「轉譯醫學(translational medicine)」的概念,透過基礎與臨床的互動,希望將基因體研究的成果,轉化為臨床的應用,像是治療方法、醫材、診斷試劑、藥物、生物藥劑、疫苗等。2007年新世代定序(next generation sequencing, NGS)技術的上市,使定序價格急遽下滑,不但讓我們有機會可以檢測人類序列變異與疾病的關係,也開始累積大量的高通量(high throughput)分析數據。為解救2008年雷曼兄弟公司破產造成的金融海嘯,美國政府的復甦與重新投資方案中,投資2,000億美金在健康資訊上,希望能有意義地使用(meaningful use)電子化的健康紀錄,因始開始大量累積電子病歷,形成一個利用鉅量數據(big data)的機會。在這樣的時空環境下,美國國家科學院在2011年提出「精準醫學」的觀念,希望建立研究網絡、整合資訊,讓疾病的分類能更準確,進而走向個人化的醫療與預防性的醫學。2011年歐巴馬總統更將他的競選策略轉化為政策,投資2億美金推動鉅量數據的應用。如何應用鉅量的健康相關數據來改善我們的健康,將是生醫資訊研究者最有意義的的挑戰。2015年歐巴馬總統在他的國情咨文中提議推動「精準醫學」,短期希望以治療癌症的研究為目標,同時收集一個百萬人的研究群,除收集一般常見的研究項目外,更要收集電子病歷的資料。這個資料庫將是未來做精準疾病分類與個人化醫學的基礎建設。 因為收集了大量的臨床資訊與高通量數據,讓我們有機會可以利用這些鉅量數據,尋找各種相關性。雖然我們可以單獨對臨床資料或高通量數據進行資料探採(data mining),可是想將基因體研究的成果轉化為臨床應用,就需要尋找臨床與高通量數據間的相關連性。而做資料探採前,必須先整合生醫資訊。當我們要連結這些資料時,必須考慮如何保護個人隱私等倫理,法律與社會議題(ELSI)。也就是思考如何在匿名化的情形下整合資訊,並說服社會大眾這是一個安全的作法。當我們被允許使用這些資料時,我們必須更自制這樣才能取得社會大眾的信任。一旦找到了關聯性,我們面臨的問題是如何解讀這些關聯性,因此將以應用的實例為同學說明如何由分子層次解讀致病機制,再由致病機制聯想到臨床應用,並透過試驗讓其成為治療的共識。
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地點: 守仁樓101教室 (第一次上課在教室,以後視疫情狀況調整)(視訊 https://nycu.webex.com/meet/uyang)
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction |
| 第 2 週 | Precision medicine (video conference) |
| 第 3 週 | personal genomics |
| 第 4 週 | Translational examples in genetics |
| 第 5 週 | The National Day, no class |
| 第 6 週 | Translational examples in cancer |
| 第 7 週 | Translational examples in infectious diseases |
| 第 8 週 | Midterm examination |
| 第 9 週 | Sequencing technology |
| 第 10 週 | Genotype-phenotype association |
| 第 11 週 | The cancer genome atlas (TCGA) and biobank |
| 第 12 週 | Digital medicine and AI-ready data |
| 第 13 週 | FHIR and protection of personally identifiable information (PII) |
| 第 14 週 | FHIR and personal health management |
| 第 15 週 | Summary and integration |
| 第 16 週 | Final examination |
- 時間
- 將問題以信件提出後再安排時間討論或回信 e-mail: uyang@nycu.edu.tw(楊老師)及mmtu0103@gmail.com(杜小姐)