校際選修

115-1 選課時程

進行中

  • 初選第一階段 6/15/2026
  • 初選第二階段 6/22/2026
  • 校際選修 8/24/2026
  • 初選第三階段 8/31/2026
  • 開學後加退選 9/7/2026
  • 逾期加退選 9/21/2026
選課資源

轉譯醫學資訊

Informatics for translational medicine

學期
111-1
學分
2 學分
當期課號
131003
永久課號
MDBI30056
開課單位
生物醫學資訊研究所
授課教師
楊永正
校區
陽明
類別
選修
上課時間表
週一
3
10:10–11:00
轉譯醫學資訊
YR101
2 節連堂
4
11:10–12:00

* 根據陽明交大上課時間表所列

概述

在人類基因體計畫在2003年完成後,並未對人類健康的改進產生立竿見影的效果.因此美國國家科學院的院長,在2004年提出「轉譯醫學(translational medicine)」的概念,透過基礎與臨床的互動,希望將基因體研究的成果,轉化為臨床的應用,像是治療方法、醫材、診斷試劑、藥物、生物藥劑、疫苗等。2007年新世代定序(next generation sequencing, NGS)技術的上市,使定序價格急遽下滑,不但讓我們有機會可以檢測人類序列變異與疾病的關係,也開始累積大量的高通量(high throughput)分析數據。為解救2008年雷曼兄弟公司破產造成的金融海嘯,美國政府的復甦與重新投資方案中,投資2,000億美金在健康資訊上,希望能有意義地使用(meaningful use)電子化的健康紀錄,因始開始大量累積電子病歷,形成一個利用鉅量數據(big data)的機會。在這樣的時空環境下,美國國家科學院在2011年提出「精準醫學」的觀念,希望建立研究網絡、整合資訊,讓疾病的分類能更準確,進而走向個人化的醫療與預防性的醫學。2011年歐巴馬總統更將他的競選策略轉化為政策,投資2億美金推動鉅量數據的應用。如何應用鉅量的健康相關數據來改善我們的健康,將是生醫資訊研究者最有意義的的挑戰。2015年歐巴馬總統在他的國情咨文中提議推動「精準醫學」,短期希望以治療癌症的研究為目標,同時收集一個百萬人的研究群,除收集一般常見的研究項目外,更要收集電子病歷的資料。這個資料庫將是未來做精準疾病分類與個人化醫學的基礎建設。 因為收集了大量的臨床資訊與高通量數據,讓我們有機會可以利用這些鉅量數據,尋找各種相關性。雖然我們可以單獨對臨床資料或高通量數據進行資料探採(data mining),可是想將基因體研究的成果轉化為臨床應用,就需要尋找臨床與高通量數據間的相關連性。而做資料探採前,必須先整合生醫資訊。當我們要連結這些資料時,必須考慮如何保護個人隱私等倫理,法律與社會議題(ELSI)。也就是思考如何在匿名化的情形下整合資訊,並說服社會大眾這是一個安全的作法。當我們被允許使用這些資料時,我們必須更自制這樣才能取得社會大眾的信任。一旦找到了關聯性,我們面臨的問題是如何解讀這些關聯性,因此將以應用的實例為同學說明如何由分子層次解讀致病機制,再由致病機制聯想到臨床應用,並透過試驗讓其成為治療的共識。

先修科目

學習FHIR的背景知識 - 請自行上線學習 學習FHIR 需要瞭解html、javascript (JS)、json 等基礎知識。若你不熟悉這些技能,請自行上線學習: 1. FHIR 入門 https://mos2718.github.io/FHIRspec/Index.html 2. HTML introduction https://mos2718.github.io/W1/HTML_Introduction/Index.html 3. HTML 表單 https://mos2718.github.io/W1/HTMLForm/Index.html 4. JavaScript 簡介及初體驗 https://mos2718.github.io/W1/JS_Introduction/Index.html 5. JS 基礎語法 https://mos2718.github.io/W1/JS_Basic/Index.html 6. JavaScript object and JSON 簡介 https://mos2718.github.io/W1/JS_object/Index.html

教學方式

地點: 守仁樓101教室 (第一次上課在教室,以後視疫情狀況調整)(視訊 https://nycu.webex.com/meet/uyang)

週次計畫
週次主題
第 1 週Introduction
第 2 週Precision medicine (video conference)
第 3 週personal genomics
第 4 週Translational examples in genetics
第 5 週The National Day, no class
第 6 週Translational examples in cancer
第 7 週Translational examples in infectious diseases
第 8 週Midterm examination
第 9 週Sequencing technology
第 10 週Genotype-phenotype association
第 11 週The cancer genome atlas (TCGA) and biobank
第 12 週Digital medicine and AI-ready data
第 13 週FHIR and protection of personally identifiable information (PII)
第 14 週FHIR and personal health management
第 15 週Summary and integration
第 16 週Final examination
Office Hours
時間
將問題以信件提出後再安排時間討論或回信 e-mail: uyang@nycu.edu.tw(楊老師)及mmtu0103@gmail.com(杜小姐)