生醫資訊程式設計
Biomedical Informatics Programming
學期
111-1
學分
2
學分
當期課號
131020
永久課號
MDBI30045
開課單位
生物醫學資訊研究所
授課教師
鍾翊方、黃彥華
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週日 |
|---|---|
Y 06:00–06:50 | 生醫資訊程式設計 2 節連堂 |
Z 07:00–07:50 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
欲進行生醫資料分析,如基因體序列、基因表現量數據,醫學影像辨識,以探索資料與生命現象間的關係,必須具備巨量資料處理之能力。本課程的設計理念,是介紹以自行寫作電腦程式的方式,配合已有之生物資訊軟體,來達到巨量生醫資料分析的目標。本課程期望能達成兩大目的:1) 使學生明瞭電腦程式處理資料之運作原理,2) 使學生有能力撰寫電腦程式,進行資料整合及分析。如此,使學生不再將大資料之處理,視為難以理解的黑盒子。
先修科目
本課程為程式設計課程,所使用語言為 R 及 Python,於2022年暑期授課
評分方式
課堂參與 20%, 作業、報告 80%
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Basis for R (I) |
| 第 1 週 | Basis for R (II) |
| 第 3 週 | Plot |
| 第 4 週 | Machine learning application (I) |
| 第 5 週 | Machine learning application (II) |
| 第 6 週 | ggplot2 |
| 第 7 週 | A brief introduction to Python and its ecosystem |
| 第 8 週 | Types, variables, and loop (1) |
| 第 9 週 | Types, variables, and loop (2) |
| 第 10 週 | Sort and Sympy |
| 第 11 週 | Simple IO and regular expression |
| 第 12 週 | Numpy, Pandas, 期末考驗 |
教科書
教科書: 自編講義 參考書籍及網站: (1) Learning Python, by Mark Lutz (2) Python初學特訓班, by文淵閣工作室 (3) Python超零基礎最快樂學習之路:王者歸來, 深石出版社 (4) Python 資料運算與分析實戰, 旗標出版社 (5) https://docs.python.org/3/tutorial/ (6) https://github.com/topics/learning-python