轉譯基因體
Translational genomics
學期
111-2
學分
2
學分
當期課號
131024
永久課號
MDBI30057
開課單位
生物醫學資訊研究所
授課教師
鍾翊方、黃彥華
校區
陽明
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週二 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 轉譯基因體 YR105 2 節連堂 |
6 14:20–15:10 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
本課程的目的,為參加學海築夢計畫,將出國實習的同學,能具備參與實習計畫的基本能力,含 RNA-seq, scRNA-seq, spatial transcrptomics, medical image analysis 等方向。
先修科目
欲修課同學,應先徵求授課教師同意,方得選課
教學方式
使學生對於生醫轉譯研究中, 常用的大數據的資料來源及研究方法, 深入的認識: 1. Health data source and analysis 2. PyTorch framework 3. Taiwan Precision Medicine Initiative (TPMI) 4. Image analysis1. Health data source and analysis 2. PyTorch framework 3. Taiwan Precision Medicine Initiative (TPMI) 4. Image analysis
評分方式
課堂討論 - 40% 期末報告 - 60%discussion - 40% term report - 60%
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction |
| 第 2 週 | PyTorch 1 |
| 第 3 週 | PyTorch 2 |
| 第 4 週 | Health data resources |
| 第 5 週 | Image classification - Grad-CAM, Grad-CAM++ 1 |
| 第 6 週 | Image classification - Grad-CAM, Grad-CAM++ 2 |
| 第 7 週 | Object detection |
| 第 8 週 | Graph convolution network (GCN) 1 |
| 第 9 週 | Graph convolution network (GCN) 2 |
| 第 10 週 | RNA-seq and scRNA-seq |
| 第 11 週 | Spatial transcriptomics |
| 第 12 週 | Image analysis 1 |
| 第 13 週 | Image analysis 2 |
| 第 14 週 | Multiple instance learning |
| 第 15 週 | Term discussion 1 |
| 第 16 週 | Term discussion 2 |
| 第 17 週 | |
| 第 18 週 |
教科書
自編講義