計算生物實驗
Computational Biology Lab.
學期
111-2
學分
1
學分
當期課號
410064
永久課號
BTBT10056
開課單位
生物科技學系
授課教師
李宗夷、林勇欣
校區
博愛
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週三 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 計算生物實驗 BI304 3 節連堂 |
6 14:20–15:10 | |
7 15:30–16:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
本課程主要針對具有分子生物學基礎與計算機相關概念的學生,提供計算生物領域之基本概念與加強學生在生物資訊實務應用的能力。主題包括生物資料庫介紹、生物資訊工具介紹、基因序列分析、基因表達分析、基因功能性分析、演化分析、密碼子使用偏性等。本課程將讓學生透過課題練習與軟體操作方式來學習將課堂所學的知識與計算生物工具應用到生物資料分析。
先修科目
【計算生物概論 】或 【計算機概論】
教學方式
投影片解說 + 課堂練習 + 互動討論
評分方式
請注意:本實驗課程不分組 李宗夷老師(50%): 作業 (20%) + 期中考 (20%) + 課堂表現 (10%) 林勇欣老師(50%): 作業 (50%)
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Course Introduction and Basic Concept of Computational Biology |
| 第 2 週 | Introduction of Molecular Biology, Databases and Tools |
| 第 3 週 | Gene Transcription and Gene Expression Profiling |
| 第 4 週 | Gene Expression Data Analysis I |
| 第 5 週 | Gene Expression Data Analysis II |
| 第 6 週 | Gene Functional Analysis |
| 第 7 週 | Gene Regulatory Networks |
| 第 8 週 | Spring break |
| 第 9 週 | Midterm Exam (Written examinzation) |
| 第 10 週 | Retrieve sequences from database |
| 第 11 週 | Sequence alignment -- dot matrix |
| 第 12 週 | Sequence alignment -- dynamic programming |
| 第 13 週 | Calculate pairwise distances |
| 第 14 週 | Construct a phylogenetic tree |
| 第 15 週 | Calculate codon usage bias |
| 第 16 週 | Protein structure data |
| 第 17 週 | Flexible lecture |
| 第 18 週 | Flexible lecture |
教科書
1. Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner “An Introduction to Bioinformatics Algorithms”, 1st Edition, published by MIT press 2004 2. Manolis Lellis, “Computational Biology: Genomes, Networks, Evolution”, by MIT press 2016
Office Hours
- 地點
- 李宗夷:賢齊館 320室 林勇欣:賢齊館 415室
- 時間
- 15:00 ~ 17:00 on Tuesday (李宗夷、林勇欣) 15:00 ~ 17:00 on Thursday (李宗夷、林勇欣)
- 聯絡方式
- 李宗夷:分機:56947; Line ID: francislee0215; Email: leetzongyi@nycu.edu.tw; Website: https://sites.google.com/view/biomics 林勇欣:分機:56960;http://yslin.lab.nycu.edu.tw/lectures.php