生物資訊學

生物資訊學在生物醫學研究中的介紹和應用 NCBI和國內生物資訊分析資源 Bioedit套裝軟體 開源生物資訊分析套裝軟體 Linux基礎 GCG套裝軟體 次世代DNA定序平台(NGS) 基因體定序和分析 基因體訊息資料庫 蛋白質訊息和資料庫 芯片基因表達分析 轉錄體訊息資料庫 人類疾病相關資料庫 基因分型和全基因體關聯研究(GWAS) 系統生物學與蛋白質交互作用 Introduction and applications of bioinformatics in biomedical research NCBI and domestic bioinformatics resources Bioedit software package Open source bioinformatics packages Fundamentals of Linux GCG software package Next-generation DNA sequencing (NGS) Genome sequencing and analysis Genome informatic databases Protein informatics and databases Microarray gene expression analysis Transcriptome informatic databases Human disease related databases Genotyping and genome-wide association study (GWAS) Systems biology and protein interaction

本課程將介紹不同類型的生物訊息分子、資料庫、次世代DNA定序平台與可促進生物醫學研究的生物資訊分析工具。 每週將進行2小時的講座和1小時的實驗室培訓,學生學習使用既有的生物資訊軟資訊分析DNA、mRNA、蛋白質、基因表達數據、疾病基因以及蛋白質-蛋白質交互作用等資料。 在這門課程中,學生應該能夠: 1. 探索公共DNA、蛋白質、基因體、轉錄體與疾病等資料庫 2. 利用NCBI和國內生物資訊資源 3. 下載並使用Bioedit套裝軟體來分析DNA,RNA和蛋白質 4. 於 Linux環境中進行基本操作 5. 使用GCG套裝軟體分析DNA、RNA和蛋白質 6. 熟悉基因體計畫 7. 使用 FinchTV 軟體檢查DNA定序原始數據 8. 懂得微陣列數據分析和全基因體關聯研究(GWAS)的工作知識 9. 使用適用的網絡資源分析和探索蛋白質間交互作用以及蛋白質連接途徑 This course will introduce different types of biomolecular information, databases, next-generation DNA sequencing platforms, and bioinformatic tools that may facilitate biomedical research. The students will receive per week 2-hour lecture and 1-hour hands-on laboratory training of using available bioinformatics software to analyze DNA, mRNA, protein, gene expression data, disease genes, protein-protein interactions, etc. After completion of this course, the students should be able to: 1. Explore public DNA, protein, genome, transcriptomic, and disease databases 2. Use NCBI and domestic bioinformatics resources 3. Download and use the Bioedit software package to analyze DNA, RNA, and proteins 4. Manage the basic operation in Linux environment 5. Use GCG software package to analysis DNA, RNA, and proteins 6. Familiar with genome sequencing projects 7. Use FinchTV software to examine DNA sequencing raw data 8. Demonstrate a working knowledge of microarray data analysis and genome-wide association study (GWAS) 9. Use the pertinent webservers to analyze and explore protein-protein interactions and pathways

學生將透過考試與提交的作業或報告進行評分The students will be evaluated by examination, quiz, homework and reports