分子演化
Molecular Evolution
學期
112-2
學分
3
學分
當期課號
430105
永久課號
BTBI30004
開課單位
生物資訊及系統生物研究所
授課教師
林勇欣
校區
博愛
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週一 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 分子演化 BI305 3 節連堂 |
6 14:20–15:10 | |
7 15:30–16:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
講述利用分子資料,例如 DNA 或蛋白質序列,建立演化樹的理論、數學模型、與方法。 學習如何操作使用應用軟體(不需程式設計能力),研究物種間或基因間的親緣關係及分子演化的歷史。
先修科目
普通生物學
教學方式
參考文獻: "Molecular evolution :a phylogenetic approach" by Roderic D.M. Page, Edward C. Holmes; Oxford; Blackwell Science,1998 電子書: http://www.netLibrary.com/urlapi.asp?action=summary&v=1&bookid=51693
評分方式
作業:複習上課內容及練習課堂上所教授的操作分析方法 評量:作業 100%
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | Introduction |
| 第 2 週 | Dynamics of Genes in Populations |
| 第 3 週 | Dynamics of Genes in Populations |
| 第 4 週 | Dynamics of Genes in Populations |
| 第 5 週 | Models of Nucleotide Substitution |
| 第 6 週 | Models of Nucleotide Substitution |
| 第 7 週 | Models of Amino Acid and Codon Substitution |
| 第 8 週 | Models of Amino Acid and Codon Substitution |
| 第 9 週 | Alignment |
| 第 10 週 | Phylogeny Reconstruction: Distance Methods |
| 第 11 週 | Phylogeny Reconstruction: Maximum Parsimony |
| 第 12 週 | Phylogeny Reconstruction: Maximum Likelihood |
| 第 13 週 | Comparison of Methods and Tests on Trees |
| 第 14 週 | Molecular Clock and Estimation of Species Divergence Times |
| 第 15 週 | Neutral and Adaptive Protein Evolution |
| 第 16 週 | Bayesian MethodsDNA Polymorphism in Populations |
教科書
"Molecular evolution" by Wen-Hsiung Li; Sunderland, Mass. :Sinauer Associates, c1997 "Molecular evolution :a phylogenetic approach" by Roderic D.M. Page, Edward C. Holmes; Oxford; Blackwell Science, 1998 "Computational Molecular Evolution" by Ziheng Yang; Oxford University Press, 2006
Office Hours
- 地點
- 賢齊館 415室
- 時間
- Tue 15:00-17:00 Thu 15:00-17:00
- 聯絡方式
- 分機:56960 yslin@nycu.edu.tw