計算生物實驗
Computational Biology Lab.
學期
113-1
學分
1
學分
當期課號
410016
永久課號
BTBT10056
開課單位
生物科技學系
授課教師
尤禎祥、陳亭妏
校區
博愛
類別
選修
上課時間表
| 節 | 週三 |
|---|---|
5 13:20–14:10 | 計算生物實驗 BI304 3 節連堂 |
6 14:20–15:10 | |
7 15:30–16:20 |
* 根據陽明交大上課時間表所列
概述
藉由Linux系統的介紹與訓練,熟悉Unix管理實務與開源軟體(open source)的使用,及其在生物資訊學與工程生物科學計算上的應用。 !請於選課系統登記亂數抽籤,勿私下來信要求加選!
先修科目
【計算生物概論 】或 【計算機概論】
教學方式
見 http://wild.life.nctu.edu.tw/class/1131410016 課堂上會公佈網站密碼
評分方式
【作業】每個單元結束繳交程式及結果或報告。 【期末presentation】可參考歷年presentation連結 :http://wild.life.nctu.edu.tw/class/compbio2 ;但主題不可以跟前人或本屆其他學生重覆。 作業: 40% ; 期中考: 30%;期末presentation: 30%
週次計畫
| 週次 | 主題 |
|---|---|
| 第 1 週 | 課程簡介,軟體應用準備 Course overview, instruments preparation and cleanup |
| 第 2 週 | 系統基礎操作及語法Basic Unix commands and vi editor |
| 第 3 週 | 計算環境的建立 Account management, compilation, and packaging |
| 第 4 週 | 正規表示法 Regular expressions: RE, PCRE and ERE |
| 第 5 週 | 數據資料串流編輯Stream editor and awk for data processing |
| 第 6 週 | 命令列模式組合Unix shell: command line interface (CLI) and bash |
| 第 7 週 | 檔案結構與殼層腳本製作Database file processing with shell scripts |
| 第 8 週 | 反應動力學數據解析繪圖Chemical kinetics analysis with GNUplot |
| 第 9 週 | 化學光譜數據解析繪圖Spectral analysis with GNUplot |
| 第 10 週 | 期中考 Midterm |
| 第 11 週 | Introduction to R I |
| 第 12 週 | Introduction to R II (交大校區運動會) |
| 第 13 週 | 次世代定序資料介紹 原始資料品質分析 |
| 第 14 週 | 序列比對後BAM檔案介紹及處理 |
| 第 15 週 | RNA 定序資料表現量分析 (I) |
| 第 16 週 | RNA 定序資料表現量分析 (II) |
教科書
1. Beginning Ubuntu Linux 3rd Edition, 2008, ISBN 978-1-4302-0649-1, <b>ebook</b>: http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4302-0649-1 2. Learning the bash Shell, 3rd Edition, ISBN 978-0-596-00965-6, <b>ebook</b>: 978-0-596-15896-5. 3. sed & awk, 2nd Edition, ISBN:978-1-56592-225-9, <b>ebook</b>: 978-1-4493-8700-6. 4. gnuplot Cookbook, <b>ebook</b> ISBN:978-1-84951-725-6.
Office Hours
- 地點
- Yu:賢齊樓R416 Chen:賢齊樓R420
- 時間
- Tuesday : 13:30-15:30 (Yu) Friday: 13:30-15:30 (Chen)
- 聯絡方式
- Yu:分機:56962; http://wild.life.nctu.edu.tw/~jsyu Chen:分機:59734; https://fullofbeans.nctu.edu.tw/