計算生物實驗

本實驗課程主要針對具有普通生物學、基礎分子生物學、及計算機相關概念的學生,學習計算生物及生物資訊領域之基本概念,以及實際動手操作之實務應用的能力。 林勇欣老師部分: 利用"普通生物學"教授過的內容做為實例,讓同學練習如何運用計算的方式重現課本的結果或是進行相關分析。 由於excel對於計算過程和結果的視覺呈現效果較為清楚,容易了解,因此本課程主要會使用excel做為課堂解說範例。具有程式語言編寫能力的同學,強烈建議直接使用自己熟悉的語言,撰寫程式來解決問題。不擅長編寫程式語言的同學,仍可利用excel操作來完成課堂實作作業,同時也在操作過程中學習理解程式運作的邏輯。然而因為在excel中無法有效率執行迴圈,在後半段課程會需要進行較為繁瑣冗長的手動操作。雖然在這些操作過程中,同學仍有機會觀察其規律,找出相對有效率的方法 -- 這其實就是寫程式會運用的思考模式 -- 但這終究還是一個相對辛苦的過程。因此,不擅長編寫程式語言的同學,除非具有極大的學習動機與耐性,否則,建議還是先修過"程式語言及演習"再修習本課程會比較適合。 另外,本部分課程的學習重點,除了讓同學有機會將過去所學的理論實際動手實作出來外,由於同學將來可能會遇到許多新的未曾見過的待解決問題,因此,第二個重點將會著重在培養同學解決問題的能力,而不是學習特定程式語言或是學習既有的計算工具。換句話說,本部分課程除了介紹這些經典傳統的生物議題,同時也利用它們相對簡單的特性,讓同學有機會可以練習嘗試自己尋找解決問題的方法。因此,在授課過程中,老師不會一開始就直接一步一步示範詳細步驟給同學參照,而會是在提供必要資訊,例如講解問題背後的知識、所需要使用的邏輯、可以使用的函式等等之後,請同學「勇於嘗試自己尋找解決方法」;在實際嘗試過,仍無頭緒的狀況,老師才會再進一步提供更多的線索與提示。同學務必要在嘗試過後仍有問題時,練習如何清楚陳述自己所遇到的瓶頸,並且「勇於發問」。 李宗夷老師部分: 主題包括生物資料庫介紹、生物資訊工具介紹、基因序列分析、基因表達分析、基因功能富集分析等。本課程將讓學生透過課題練習與軟體操作方式來學習將課堂所學的知識與計算生物工具應用到生物資料分析。

【計算生物概論 】或 【計算機概論】、【普通生物學(一)】; 【程式語言及演習】建議先修

投影片解說 + 課堂練習 + 互動討論

請注意:本實驗課程不分組 林勇欣老師(50%): 作業 (50%) 李宗夷老師(50%): 作業 (20%) + 期中考 (20%) + 課堂表現 (10%)

1. Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner “An Introduction to Bioinformatics Algorithms”, 1st Edition, published by MIT press 2004 2. Manolis Lellis, “Computational Biology: Genomes, Networks, Evolution”, by MIT press 2016

地點

林勇欣:賢齊館 415室 李宗夷:賢齊館 317室

時間

15:00 ~ 17:00 on Tuesday (林勇欣、李宗夷) 15:00 ~ 17:00 on Thursday (林勇欣、李宗夷)

聯絡方式

林勇欣:分機:56960;yslin@nycu.edu.tw;http://yslin.lab.nycu.edu.tw/lectures.php 李宗夷:分機:56947; Line ID: francislee0215; Email: leetzongyi@nycu.edu.tw; Website: https://sites.google.com/view/biomics